اين بخش بلحاظ تعداد آثار و برخوردارى از شيوه هاى ممتاز هنر كتاب آرايى مانند تذهيب، تجليد، خوشنويسى اهميت بسيار زيادى دارد. برخى از قرآنهاى موزه در قرون آغازين حيات اسلام يعنى در قرن دوم و سوم همزمان با حكومت خلفاى عباسى كتابت شده و برخى نيز در ساير ادوار اسلامى، مصادف با دوره حكومت آل بويه، سلجوقيان، ايلخانيان تيموريان، صفويان و قاجاريه كتابت شده است.
قديمى ترين قرآن موزه در سال يكصد و نود و هشت هجرى قمرى 198 نوشته شده و در آغاز آن نام مامون خليفه عباسى مشهود است. بعضى از قرآنها بر روى پوست و برخى ديگر بر روى پارچه و ساير قرآنها بر روى انواع كاغذ نوشته شده است.
مصاحف موزه عمدتاً بخط كوفى، ثلث، نسخ، محقق و ريحان مى باشد كه برخى از آنها از آغاز تا انتها به يك شيوه از خط خوشنويسى و برخى ديگر بشكل توامان نويسى كتابت شده است. اكثر آيات قرآن با مركب مشكى و برخى ديگر نيز با آب طلا و رنگ لاجورد تحرير شده است. بخشى از قرآنهاى موزه داراى ترجمه فارسى است كه در بعضى از آنها همزمان با كتابت متن آيات، نگارش ترجمه نيز بدنبال آن انجام پذيرفته ولى در برخى از نسخه ها پس از سپرى شدن مدت زمانى طولانى ترجمه فارسى بخط نسخ يا نستعليق بر آن افزوده شده كه تنوع سبك ترجمه در دوره ها و قرون مختلف كه بيانگر سير تاريخى تحول زبان و ادب پارسى است از نكات حائز اهميت در قرآنهاى مترجم مى باشد.
در اين بخش آثار ارزشمندى از خطاطان ادوار اسلامى همچون احمد نيريزى، فيض ا... لاهورى، شمس الدين عبدا... دوست محمد بن سليمان الهروى و على نقى بن محمد كبير ربانى موجود مى باشد.
اكثر صفحات قرآنها با بهره گيرى از هنر زيبا و ظريف و پركار تذهيب مزّين شده و با استفاده از نقوش زيباى گل و بوته اسليمى، ترنج، سر ترنج، لچك ترنج، شمسه و شرفه، جدول كشى و كمند زرين، زنجيره و بكمك انواع رنگها مانند لاجورد، شنجرف و طلا به شيوه اى بسيار زيبا و دل انگيز آراسته شده است.
قرآنهاي موزه عمدتاً داراى انواع جلدهاى زيبا شامل جلد چرمى ساده، چرمى سوخت ضربى، سوخت معرق ، جلد طلا كوب، جلد روغنى (لاكى) با تزئينات گل و مرغ و گل و بوته و همچنين برخى قرآنها داراى جلد طلاپوش با سرطبل مى باشد.
